Bộ phim kể về Sato Kotaro - một cậu bé 4 tuổi bị mẹ bỏ rơi và sống với người bố bạo lực, sau đó Kotaro chuyển đến sống tại một trại trẻ mồ côi, nhưng người bố cũng sớm tìm đến và làm loạn cuộc sống của cậu bé. Người mẹ sau đó đã mất không rõ nguyên do và để lại cho Kotaro một khoản tiền bảo hiểm nhân thọ, nên cậu đã rời trại trẻ mồ côi và chuyển đến khu chung cư Shimizu sống một mình.

Tại đây, Kotaro gặp gỡ 3 người hàng xóm tốt bụng là Shin Karino - một hoạ sĩ vẽ truyện tranh, Mitsuki Akitomo - cô nàng xinh đẹp làm việc ở hộp đêm, và ông chú Isamu Tamaru - người đàn ông tuy có vẻ ngoài bặm trợn, đáng sợ nhưng thực chất lại là người yêu trẻ con và rất quý Kotaro. Ba người hàng xóm đã bầu bạn cùng cậu bé, Karino mỗi sáng sẽ dắt cậu bé đến nhà trẻ, mỗi tối thì cùng cậu đến nhà tắm công cộng, Tamaru luôn ra mặt bảo vệ Kotaro khi cần, và Mitsuki thì giống như một người mẹ thứ hai luôn ân cần, dịu dàng với Kotaro.

Tuy chỉ mới 4 tuổi nhưng Kotaro buộc phải trưởng thành hơn so với các bạn đồng trang lứa, cậu bé tự nấu ăn, dọn dẹp, tự đi siêu thị mua đồ, trong khi các bạn cùng tuổi được bố mẹ chăm sóc ân cần. Tuy tự lập là vậy nhưng bên trong Kotaro vẫn tồn tại sự ngây thơ, đơn thuần của một đứa trẻ.

Cậu bé luôn nấu nhiều món ăn, chia thành nhiều đĩa nhỏ khi ăn một mình, nhưng khi ăn cùng những người hàng xóm thì chỉ nấu một đĩa, vì khi cô đơn, Kotaro coi những đĩa thức ăn đó là những người bạn, hay như khi Kotaro phải cải trang tới 4 lần để xin 4 quả bóng bay miễn phí, nhờ Karino vẽ khuôn mặt của bố, mẹ, em gái, và em trai lên những quả bóng bay đó và chơi cùng chúng.

Dù được những người hàng xóm yêu thương hết mực nhưng sâu thẳm bên trong, Kotaro vẫn luôn nhớ về bố mẹ của mình. Mặc dù có những cảnh phim buồn như vậy, “Kotaro Lives Alone” vẫn khiến khán giả cảm thấy ấm lòng bởi tình cảm mà mọi người xung quanh dành cho Kotaro.